Para la concreción tanto de sus objetivos académicos como de integración regional, FLACSO Argentina ha estimulado en los últimos años el trabajo asociado con una variada cantidad de instituciones, tanto públicas como privadas, así como también del tercer sector. A su vez, esta red se ha extendido a nivel nacional e internacional. Esta amplia gama de convenios e intercambios posibilita el mutuo aprendizaje y la generación de lazos con la sociedad y sus instituciones. Algunas de las instituciones con las que FLACSO se ha asociado son:


Universidades públicas o privadas de nuestro país

Universidad Nacional del Litoral (Facultad de Ciencias Económicas), Universidad Nacional de Rosario, Universidad de Buenos Aires (diversas Facultades), Universidad de San Andrés,  Universidad Nacional de Tres de Febrero, Instituto Universitario Nacional de Arte (IUNA), Universidad Nacional de Quilmes, Universidad Torcuato Di Tella, Universidad Nacional de General San Martín, Instituto del Servicio Exterior de la Nación (ISEN), entre otras instituciones.


Universidades e instituciones académicas del extranjero

Universidad Técnica Particular de Loja (Ecuador), Universidad de Barcelona (España), Universidad Autónoma de Madrid (España), Universidad de Sevilla (España), Universidade Estadual de Campinas (Brasil), Universidad de Brasilia (Brasil), Universidad Estació de Sá (Brasil), Fondation Nationale des Sciences Politiques (Sciences Po, Francia), la Florida Internacional University, Georgetown University, Universidad de Friburgo (Alemania), Universidad Humboldt de Berlín (Alemania), Jawaharlal Nehry University (India), Universidad degli Studi di Milano Bicocca (Italia), Colegio Universitario de Oslo (Noruega), Universidad de la República (Uruguay).


Organismos públicos de gobierno:

Ministerio de Justicia de la Nación – Secretaría de Derechos Humanos, Ministerio de Educación de la Nación, Ministerio de Planificación Federal, Inversión Pública y Servicios, Instituto de Estadísticas y Censos, Honorable Senado de la Nación, Ministerio de Ciencia, Tecnología e Innovación Productiva, Ministerio de Relaciones Exteriores y Culto, Honorable Cámara de Senadores, Legislatura de la Ciudad de Buenos Aires.


Institutos de investigación de la Argentina:

Instituto de Desarrollo Económico y Social (IDES), Instituto de Altos Estudios Sociales  (IDAES), Centro de Estudios de Estado y Sociedad (CEDES).


Fundaciones y Organizaciones de la Sociedad Civil: 

  Fundación Ford, Fundación Carolina, Fundación YPF, Fundación Arcor, Fundación Avina, Agencia Española de Cooperación Internacional, IDRC (Canadá).


Redes:

La FLACSO desarrolla una variedad de Proyectos de Investigación que fomentan el trabajo conjunto entre investigadores de diferentes países, en pos de generar nuevos conocimientos en una perspectiva de análisis regional que permita integrar conocimientos y experiencias locales en el tratamiento de problemas que atraviesan toda América Latina. De este modo, la institución se vincula con numerosas redes nacionales e internacionales, como la IDG- Net (Institutions of Democratic Governance Network) y la Red de Cambio Climático y Desarrollo (Climate Change and Development Network), el Consejo Latinoamericano de Ciencias Sociales (CLACSO) y la OEA.