Reglamentos académicos y administrativos
El funcionamiento de la FLACSO está regido tanto por su legislación interna, cuanto por las directrices que emiten los órganos de gobierno. La coordinación del funcionamiento de la Facultad, así como su representación legal, está bajo la responsabilidad de la Secretaría General, la cual tiene Sede en Costa Rica desde 1979.
Se detallan a continuación los órganos de gobierno, su composición y sus atribuciones:
Asamblea General
La Asamblea General es el máximo Órgano de Gobierno de la Facultad Latinoamericana de Ciencias Sociales (FLACSO) y está compuesta por representantes de todos los Estados Miembros del Acuerdo General de la FLACSO. Sus reuniones ordinarias se realizan cada dos años, en distintos países de la región.
Consejo Superior
El Consejo Superior es un Órgano de Gobierno compuesto por representantes de los Estados Miembros elegidos por la Asamblea General y por distinguidos académicos latinoamericanos que son Miembros del Consejo a Título Individual. Este Órgano de Gobierno se reúne ordinariamente una vez al año, en alguno de los países Miembros.
Comité Directivo
Este Órgano de Gobierno está compuesto por el Secretario General y los Directores de las Unidades Académicas, así como por un representante del cuerpo académico de la Facultad. El Comité Directivo realiza dos reuniones ordinarias presenciales al año, en distintos países sede.
A su vez, la FLACSO Argentina opera bajo una serie de reglamentaciones sobre el desempeño académico, tanto para sus investigadores como para los alumnos.